Pri korištenju peptida često se susrećemo s pokazateljima čistoće peptida i sadržaja peptida. Mnogi se ljudi mogu pitati zašto je njihova čistoća peptida 95%, a sadržaj peptida je samo 80%. To je zato što su to dva potpuno različita pojma.
Čistoća peptida: Čistoća peptida odnosi se na količinu ciljanog peptida otkrivenu na 214 nm (214 nm je valna duljina apsorpcije peptidnog lanca) pomoću HPLC analize.
Sadržaj peptida: Ovo se odnosi na postotak peptida u odnosu na ne-peptidne tvari u uzorku.
Čistoća peptida odnosi se na sadržaj ciljnog peptida detektiran HPLC-om na 214 nm (214 nm je valna duljina apsorpcije peptidnog lanca). Osim ciljnog peptida, HPLC može detektirati nečistoće uključujući: izbrisane sekvence (ciljane sekvence kojima nedostaje jedan ili više aminokiselinskih ostataka), skraćene sekvence (sekvence nastale tijekom zaštite) i nepotpuno deprotektirane sekvence (što rezultira procesom sinteze ili konačnim procesom cijepanja). Međutim, HPLC ne može otkriti vodu i zaostale soli kao što su trifluoroacetat (TFA) i acetat. Tijekom sinteze peptida, peptidna sekvenca se odcjepljuje od smole pomoću TFA, a mala količina TFA također se stvara tijekom pročišćavanja. Stoga, slobodni amino terminus i drugi bočni lanci peptida, kao što su Arg, Lys i His, mogu generirati male količine TFA nečistoća. Drugi problem je vlaga. Peptidi se obično dehidriraju pomoću liofilizacije, ali čak i tako, voda će postojati u različitim stupnjevima ovisno o kapacitetu kovalentnog vezanja. Stoga isporučeni peptidi tipično sadrže TFA soli i vode u tragovima, koji se ne mogu detektirati HPLC-om, što dovodi do razlika u sadržaju i čistoći peptida.
